制药业广泛采用真空泵，主要用于以下工艺流程：
真空干燥
干燥是成本低、温度相对较低的处理程序，通过降低真空度从固体中蒸发出液体，生物成分或活性成分不被损坏/降效/氧化。对医用/生物产品进行干燥，除去溶剂和水等，并特别要求较终干燥部的真空度低于1 torr。干燥后，所剩部分为颗粒状配制品，压成药片。所剩潮湿水平较低，可以使产品的储存期延长。
真空蒸馏
蒸馏就是将两种及以上具有不同温度、压力、成分和相态的层面或部分分离开来。随着蒸馏塔趋向均衡，各部分具有不同的浓度，可以从混合物种分离出来。蒸馏塔提供将不同液体成分分离开来的气压，通过改变真空度和温度进行分离。
真空除气
除气就是除去溶解/滞留在液体或产品中的气体。真空装置可以从液体中去除气体，提高其物理性能，改善产品质量进行进一步处理，并避免交叉污染或腐蚀。
晶化或汽化
晶化就是对过度饱和的液体进行蒸发和冷却，形成晶体。这些晶体方便用来携带、储存和销售。对于这种应用，水环式真空泵是理想的选择，可以用来在所有压力范围内控制蒸发/冷却速度，通过降低液体沸点来降低生产成本。
加注和/或材料转移
乳状物和膏状物体注入管路等时，需要排出里面的空气。这可以通过加注机上的小型液环泵或者旋转叶轮泵来完成。采用真空泵将液体加入箱体内，然后通过压缩机将其排出，这样就实现了液体的转移。